微生物にも様々な種類があります。微生物の種類はおよそ細菌１ ，６００、菌類（カビ）４５，０００、原生動物 ４４,０００と言われています。
作物の健全生育にとって一番良い土壌環境は、細菌類内でも放線菌・窒素分解固定菌・ 光合成菌等の数が多く、雑菌類が少ないほど良いのです。
土づくりをしっかり行った残渣物の少ない優良な土壌は、細菌類１００に対して、善玉菌種 （放線菌系４０～５０くらい、窒素分解固定菌系１５～２０くらい、光合成菌系等１０～１５く らい）が９０％くらいで、雑菌類（カビの一種）１０くらいであるのに対し、病害の発生が多い土壌では、雑菌類が多くなり順序が逆になっているのです。
この事から細菌類の種類と数が、豊富な土壌に変えてやることが重要な事が伺えます。
