結果から言うと、病原菌及び害虫の数が増えるからなのですが、ではなぜ病原菌及び害虫が増えるのか。
化学肥料を多用すると、土壌が痩せて作物の毛細根が発達しなくなり有用微生物が棲み処を奪われ数が減少する事により、生態系のバランスが阻害されるからです。有用微生物が餌としている有機物（未分解物や残渣類）が余ってくるので、それを餌として病原菌の数が増えるのです。
有用微生物、病原菌それぞれ同じように有機物を餌としているが病原菌よりも有用微生物の方が有機物を急速に利用するため、餌のない病原菌は、繁殖できなくなり、休眠状態になり悪さをしなくなります。
したがって、土壌中には有用微生物が多い方が良い訳です。数が増えた病原菌は、害虫などが付けた傷口等から作物体内に侵入し、爆発的に増殖し病害症状が出てきた時には、手遅れで枯死してしまうこともあります。
